法人税の確定申告ガイド：初めてでも分かる！申告の流れ・必要書類・期限・e-Taxまで徹底解説

「会社を設立したけれど、確定申告ってどうやるの？」 「法人税の申告期限が近いけど、何から手をつければいいかわからない…」

会社の経営者や経理担当者にとって、年に一度の法人税の確定申告は避けて通れない重要な業務です。しかし、その手続きは複雑で、初めての方や慣れていない方にとっては大きな負担となることも少なくありません。

この記事では、法人の確定申告について調べている方に向けて、確定申告の基本的な流れ、必要な書類、国税庁の情報源、便利なe-Taxでの電子申告方法、申告期限と遅れた場合のペナルティ、そして専門家である税理士への依頼について、添付ファイルと国税庁の情報を基に分かりやすく解説します。

この記事を読めば、法人税の確定申告に関する全体像を把握し、スムーズな申告準備を進めるための知識を得ることができます。

法人税の確定申告：基本の流れ5ステップ

法人の確定申告は、日々の経理業務の積み重ねの上に成り立っています。一般的に、以下の5つのステップで進められます。

法人確定申告の主要な流れ

ステップ1	当期の取引を記帳する：事業年度のすべての取引を帳簿に正確に記録し、帳簿データと実際の残高を照合します。
ステップ2	決算整理事項を確認する：事業年度をまたぐ取引を当期分と翌期以降に分け、減価償却や棚卸資産の評価などの決算整理を行います。
ステップ3	決算書を作成する：貸借対照表、損益計算書、株主資本等変動計算書など、企業の財務状況を示す書類を作成します。
ステップ4	申告書を提出する：作成した決算書に基づき、法人税、法人住民税、法人事業税、消費税などの申告書を作成し、所轄の税務署や都道府県税事務所などに提出します。
ステップ5	提出書類を保存する：提出した決算書や申告書などの書類を、税法や会社法の規定に従って一定期間保存します。

ステップ1：当期の取引を記帳する

まずは、事業年度中のすべての取引（売上、仕入、経費など）を正確に帳簿に記録することが基本です。日々の記帳が、正確な決算書作成と税額計算の基礎となります。期末にまとめて行うのではなく、日頃からこまめに記帳することが、作業負担の軽減とミスの防止につながります。

ステップ2：決算整理で帳簿を確定させる

決算日を迎えたら、帳簿の数値を最終的に確定させるための「決算整理」を行います。具体的には、棚卸資産の評価、固定資産の減価償却費の計上、売掛金や買掛金の整理、引当金の計上など、その事業年度の損益や財産状況を正確に反映させるための調整作業です。

ステップ3：決算書（貸借対照表・損益計算書など）を作成する

決算整理後の帳簿に基づいて、企業の財政状態を示す「貸借対照表（B/S）」、経営成績を示す「損益計算書（P/L）」、純資産の状況を示す「株主資本等変動計算書（S/S）」などの決算書を作成します。上場企業などは「キャッシュフロー計算書（C/F）」も作成しますが、非上場企業にはキャッシュフロー計算書の作成義務はありません。その他、「個別注記表」や「勘定科目内訳書」、「事業概況説明書」なども作成が必要です。

ステップ4：申告書を作成し、税務署等へ提出する

作成した決算書を基に、法人税、法人住民税、法人事業税、消費税などの税金の申告書を作成します。税金の種類によって申告先が異なり、法人税と消費税は税務署へ、法人住民税と法人事業税は都道府県税事務所や市町村役場へ提出します。申告と納税の期限は、原則として事業年度終了日の翌日から2ヶ月以内です。

ステップ5：提出した書類を保管する（保存期間）

提出した決算書（貸借対照表、損益計算書など）は、税法上は原則7年間、会社法上は10年間の保存が義務付けられています。より長い期間である10年間を目安に保存しておくと安心です。申告書自体に税法上の保存期間の定めはありませんが、決算書と共に保管しておくことが推奨されます。

法人税の確定申告に必要な書類一覧と入手方法

確定申告に必要な書類は、申告する税金の種類によって異なります。主なものを以下にまとめました。

法人確定申告に必要な主な書類

税目	主な必要書類	入手先/備考
法人税・地方法人税	法人税申告書及び地方法人税申告書（各種別表）、適用額明細書、法人事業概況説明書（または会社事業概況書）、勘定科目内訳明細書、決算報告書	国税庁ウェブサイト、税務署
消費税・地方消費税	消費税及び地方消費税の確定申告書（一般用・簡易課税用）、付表、消費税の還付申告に関する明細書（該当する場合）	国税庁ウェブサイト、税務署
法人事業税・法人住民税	法人事業税・法人住民税申告書（第6号様式、第20号様式など）、別表（各自治体による）、均等割額の計算に関する明細書	国税庁・各都道府県・市町村ウェブサイト、税務署・役所窓口

【特に重要な書類】

• 法人税申告書（別表）: 法人税額や所得を計算するための中心となる書類で、多数の「別表」で構成されます。特に別表一、二、四、五(一)、五(二)は、多くの法人が提出する必要があります。
• 決算報告書: 貸借対照表、損益計算書、株主資本等変動計算書、個別注記表など、株主総会で承認された決算書類一式です。
• 勘定科目内訳明細書: 決算書の各勘定科目の内訳を示す詳細な書類です。
• 法人事業概況説明書: 法人の事業内容や従業員数などを記載する書類です。（資本金1億円以上の法人は「会社事業概況書」を提出）

【書類の入手方法】

• 国税に関する書類（法人税・消費税など）: 国税庁のウェブサイトからダウンロードできます。税務署の窓口でも入手可能です。
• 地方税に関する書類（法人事業税・法人住民税）: 各都道府県や市町村のウェブサイトからダウンロードできます。郵送で送られてくる場合や、窓口で受け取ることも可能です。
• 会計ソフト: 会計ソフトを利用している場合、決算書や一部の申告関連書類を自動で作成できる機能がついていることが多いです。

【国税庁公式情報】法人税確定申告の情報収集はここから！

法人税の確定申告に関する正確な情報は、国税庁が提供する以下の情報源から入手できます。

• 国税庁ウェブサイト (www.nta.go.jp): 法人税に関する最も信頼性が高く、包括的な情報源です。
  • 「法人の方」ページ: 法人向けの申告・届出手続き、税金（法人税、消費税、源泉所得税など）の情報が集約されています。
    • https://www.nta.go.jp/users/hojin/index.htm
  • 「タックスアンサー」: よくある税務上の質問と回答が掲載されており、法人税に関する疑問解決に役立ちます。
    • https://www.nta.go.jp/taxes/shiraberu/taxanswer/index2.htm
• e-Tax（国税電子申告・納税システム）: 国税に関する電子申告・納税に関する情報やソフトウェアが提供されています。
  • https://www.e-tax.nta.go.jp/hojin.html
• eLTAX（地方税ポータルシステム）: 地方税に関する電子申告・納税に関する情報やソフトウェアが提供されています。
  • https://www.eltax.lta.go.jp/

【オンラインで完結】e-Tax・eLTAXによる電子申告の方法

e-Tax（国税）やeLTAX（地方税）を利用すれば、税務署などに行かずにインターネット経由で法人税の申告・納税が可能です。e-Taxについては、以下の手順で進めます。

1. e-Tax利用の事前準備

• 利用者識別番号の取得: e-Tax公式サイトからのオンライン申請、書面での届出、税理士経由などで取得します。
• 電子証明書の準備: 法人の代表者のマイナンバーカード、または商業登記に基づく電子証明書などを準備します。ICカードの場合はICカードリーダライタも必要です。（スマートフォンで代用できる場合もあります）
• e-Taxソフトの準備: 国税庁提供のe-Taxソフト（WEB版、ダウンロード版など）から、自社の環境に合ったものを準備します。

2. 申告データの作成・送信手順

1. 準備した電子証明書をe-Taxソフトに登録します。
2. e-Taxソフトを利用して、法人税の申告データを作成します。
3. 作成した申告データに電子署名を行います。
4. e-Taxを通じて申告データを送信します。
5. 送信後、受付結果などをe-Taxのメッセージボックスで確認します。

3. 電子納税の方法

申告後、メッセージボックスに届く「納付区分番号通知」を利用して、ダイレクト納付（口座引落）やインターネットバンキングなどで納税できます。電子納税自体は電子証明書がなくても可能です。

5. eLTAXについて

法人の電子申告は、e-Taxのみでは完結せず、別途eLTAXによる地方税の申告と納税が必要となります。大まかな流れはe-Taxと変わりませんが、eLTAXによる手続の方がやや煩雑なものとなっています。

6. 大法人の電子申告義務化について

資本金1億円超などの一定の大法人は、法人税、消費税、法人住民税、法人事業税の申告について、e-Tax（国税）およびeLTAX（地方税）による電子申告が義務付けられています。

法人の種類や規模で確定申告は変わる？

確定申告の手続きは、法人の形態や規模によって一部異なります。

• 株式会社と合同会社の違い:
  • どちらも法人税等の申告義務は同じです。
  • 決算書の承認プロセスが異なります（株式会社は株主総会、合同会社は社員総会・社員の同意など）。
  • 株式会社には原則として決算公告義務がありますが、合同会社にはありません。
• 大法人と中小法人の違い:
  • 税率: 中小法人（資本金1億円以下など）は、一定の所得金額まで法人税の軽減税率が適用されます。
  • 税制優遇: 中小法人には、特定の税額控除や特別償却などの優遇措置が多く設けられています。
  • 電子申告義務: 大法人（資本金1億円超など）は電子申告が義務化されています。
  • 外形標準課税: 大法人などには、所得だけでなく資本金や付加価値額なども課税ベースとなる外形標準課税が適用される場合があります。

【重要】法人税の確定申告期限と遅れた場合のペナルティ

申告・納付期限はいつ？

法人税、法人住民税、法人事業税、消費税の申告・納付期限は、原則として事業年度終了日の翌日から2ヶ月以内です。例えば、3月決算の法人の場合は、5月末日が期限となります。期限日が土日祝日の場合は、翌営業日が期限となります。

期限を過ぎた場合のペナルティ

確定申告期限を過ぎてしまうと、以下のようなペナルティが課される可能性があります。

日本の法人確定申告の遅延に対するペナルティ

ペナルティの種類	説明	一般的な税率/条件
延滞税	納付期限までに税金を納付しなかった場合に課される利息に相当する税金	納付期限から2か月までは7.3%、それを超える場合は14.6%
無申告加算税	申告期限までに確定申告書を提出しなかった場合に課されるペナルティ	納付すべき税額50万円までの部分15%、50万円超300万円までの部分15%、300万円超の部分25%、税務調査後に納付した場合はそれぞれ＋5%
過少申告加算税	期限内に申告書を提出したが、申告した税額が少なかった場合に課されるペナルティ	追加で納付することになった税額の10%～15%
重加算税	意図的に所得を隠蔽・仮装した場合に課される最も重いペナルティ	過少申告の場合で追加税額の35%、無申告の場合で納付すべき税額の40%
青色申告の取消	青色申告の承認を受けている法人が、2期連続で期限内に申告できなかった場合など	青色申告の承認が取り消され、繰越欠損金の控除（過去の損失を繰り越して将来の利益と相殺する制度）などの税制上の優遇措置が受けられなくなります

申告期限の延長について

定款で定時株主総会が事業年度終了後3ヶ月以内に開催されると定められている場合など、一定の要件を満たせば、申請により申告期限を1ヶ月間（連結申告の場合は2ヶ月間など）延長することができます。ただし、納税期限は原則として延長されないため、注意が必要です。納税が遅れると延滞税が発生します。

複雑な確定申告、税理士に依頼するメリット・デメリット

法人税の確定申告は専門知識が必要であり、手続きも煩雑です。そのため、税理士に依頼することも有効な選択肢となります。

税理士に依頼するメリット

• 正確な申告: 税法の専門家が申告を行うため、ミスが少なく、税務調査や追徴課税のリスクを低減できます。
• 時間と労力の節約: 経営者や担当者は、申告業務から解放され、本業に専念できます。
• 節税のアドバイス: 適切な節税対策の提案を受けられ、税負担を軽減できる可能性があります。
• 税務調査への対応: 税務調査が入った場合も、専門家として適切な対応をサポートしてくれます。
• 最新情報の入手: 頻繁に改正される税法に対応した、的確なアドバイスが期待できます。

税理士に依頼するデメリット

• 費用がかかる: 顧問料や決算・申告料などの費用が発生します。ただし、税理士と契約しない場合に、追徴課税が税理士報酬を上回るケースも少なくありません。
• コミュニケーションが必要: 会社の状況を正確に伝えるためのコミュニケーションが不可欠です。
• 社内にノウハウが蓄積されにくい: 税理士に任せきりにすると、自社で税務知識を深める機会が減る可能性があります。

税理士の探し方・選び方のポイント

税理士を探すには、知人からの紹介、インターネット検索、税理士紹介サービスなどの方法があります。選ぶ際は、自社の業種や規模に詳しいか、コミュニケーションが円滑か、料金体系が明確かなどを確認しましょう。

よくある質問

まとめ

法人の確定申告は、期限内に正確に行うことが非常に重要です。

• 基本の流れ: 記帳 → 決算整理 → 決算書作成 → 申告書提出 → 書類保存
• 必要書類: 税金の種類ごとに異なる。国税庁サイトなどで確認・入手。
• 情報源: 国税庁ウェブサイト、パンフレットを活用。
• 電子申告: e-TaxやeLTAXを利用すればオンラインで完結。大法人は義務化。
• 期限: 原則、事業年度終了の翌日から2ヶ月以内。遅れるとペナルティあり。
• 専門家: 税理士への依頼も有効な選択肢。

法人税の確定申告は複雑ですが、基本的な流れやポイントを押さえ、国税庁の情報などを活用すれば、ご自身での対応も可能です。しかし、不安な点や時間的な制約がある場合は、税理士への相談も検討しましょう。いずれにしても、余裕を持ったスケジュールで準備を進めることが、スムーズで正確な申告への鍵となります。